Misioni i K.S.U është:
Të ofrojë shërbim mjeksor të specializuar në fushën e Stomatologjisë: ndjekje dhe trajtim të pacientëve në sektorët, Kirurgji, Terapi dhe Ortopedi për banorët e Tiranës dhe për të gjithë Shtetasit e Republikës së Shqipërisë, si dhe të ofrojë shërbime mjeksore parandaluese diagnostikuese dhe kuruese për sëmundje që nuk mund të trajtohen në Insitucione Shëndetësore të tjera Publike pasi K.S.U ndodhet në Tiranë dhe përfshin shërbimin për të gjithë territorin e Republikës së Shqipërisë. Këtë shërbim u ofron dhe shtetasve të huaj dhe atyre pa shtetësi sipas kritereve të pranimit të K.S.U.
Të ofrojë edukim universitar dhe pasuniversitar duke shërbyer si bazë mësimdhënie për Fakultetin e Stomatologjisë, formimin e profilizuar pasuniversitar, edukimin e vazhdueshëm mjeksor stomatologjik .
Të shërbeje si qendër kërkimore shkencore mbi bazën e praktikës mjeksore dhe përvojës së akumuluar. K.S.U e ushtron këtë funksion në bashkpunim me insitutcionet e arsimit të lartë vëndas dhe të huaj si dhe me qendra të specializuara në kërkimin shkencor.
Shërbimi mjeksor në K.S.U ushtrohet në përputhje me Kushtetuten e Republikës së Shqipërisë të ligjit nr 9106 datë 17.07.2003 “ Për shërbimin Spitalor në Republikën e Shqipërisë “ Ligjit nr 9928 dt 9.6.2008 “ Për shërbimin shëndetësor në Republikën e Shqipërisë, ligjit nr 8615 datë 01.06.2000 “ Për urdhërin e mjekut, Kodin e punës të ligjit nr 8485, datë 12.05.1999 për Kodin e procedurave administrative të Republikës së Shqipërisë, si dhe akte të tjera ligjore nënligjore që lidhen me veprimtarinë e saj .